Schon zu Lebzeiten ließ sie ihren Sarkophag von Hofbildhauer Johann Kaspar Käse anfertigen. Das Grabmal, das heute in der Andreaskapelle zu sehen ist, war ursprünglich in einer später abgerissenen Grabkapelle südlich vom Chor aufgestellt. Die Figur der verstorbenen Fürstäbtissin, die heute in einer Nische über dem Grabmal zu sehen ist, kniete ehemals vor ihrem Sarkophag. An den Wänden befinden sich die Epitaphien der Mitglieder ihres Hofstaates, ihres Oberhofmeisters Johann Anton Kroll von Freyen und der Hofdamen Margarethe Esther Kroll von Freyen, Christina Elisabeth von Griesheim und Christine Frederice von Bonsard. Auch die Epitaphien stammen von Johann Kaspar Käse.

Die Figur der knienden Fürstin ist in ein prächtiges barockes Gewand gekleidet, das sich in üppigen Falten um ihren Körper legt. Spitze schaut an den Ärmel und am Kragen aus dem schweren Stoff heraus. Sie kniet auf einem mit Schmucksaum verzierten Kissen und hält ihre gefalteten Hände leicht nach rechts erhoben, den linken Ellbogen streckt sie dabei vor den Körper. Ihr linkes Bein ist außerdem leicht vorgeschoben, so dass die Figur insgesamt recht dynamisch wirkt.

Zwei Putti beklagen auf dem Sarkophag den Tod der Äbtissin, einer hält eine Trompete an die Lippen, der andere weist auf eine Tafel mit Inschriften, in denen an Elisabeths Verwandtschaft mit dem sächsischen Herrscherhaus und Stiftsgründer Graf Liudolf erinnert wird. Stiftswappen mit Ordensband und Fürstenkrone am Fußende des Sarkophags verweisen auf den Status Elisabeths als geistliche Reichsfürstin. Auf einem Kissen am Kopfende, das sich leicht unter der Last eindrückt, ruhen Bischofsstab und Mitra, die an den geistlichen Rang der Äbtissin erinnern.

Zahlreiche Putti auf den Epitaphien der Hofbeamten halten symbolische Gegenstände, wie Knochen oder Totenschädel, in den Händen, die auf die Vergänglichkeit des Lebens hinweisen. Der geflügelte Gott Kronos, der sich aus dem Epitaph des Oberhofmeisters hervorstreckt, zeigt eine besonders eindrückliche Kostprobe des künstlerischen Könnens des Bildhauers. Auch diese Figur mit wallendem langem Bart und zusammengelegten, gefiederten Flügeln verweist auf die rasch verrinnende Lebenszeit. Das umgedrehte Wappen zeigt, dass mit Johann Anton Krolls Tod dessen Familie ausgestorben ist. Der Epitaph der Christine Frederice von Bonsard zeigt außerdem ein geflügeltes Stundenglas, das ebenfalls an die Endlichkeit der Lebenszeit gemahnt. Ebenso die geflügelten Totenschädel: Sie haben jeweils einen gefiederten, also einen Engelsflügel und einen Fledermausflügel, der möglicherweise an den Teufel erinnert. Warum ist nicht klar, vielleicht wird so auf das Wesen des Menschen verwiesen, der im Leben sowohl gute als auch schlechte Taten vollbringen kann und sich im Tode für seine Handlungen rechtfertigen muss.

Elisabeth Ernestine Antonie von Sachsen-Meiningen hat in ihrem Testament genau geregelt, wie es mit der Führung des Stifts weitergehen sollte. Auch die Begräbnisfeierlichkeiten plante sie und schrieb sie in ihrem Testament nieder. Dabei legte sie fest:

„da die Begräbnis Capelle so klein und fast von dem marmornen Sarg ganz ausgefüllet ist, dass sie so einen gantzen Leichen Conduct nicht fassen könnte und es den Trägern bei so bewandten Umständen, nun fast unmöglich fallen würde, meinen Leib ohne Beysetzigung des marmornen Monuments in denselben zu versenken, selbst haben beschlossen, dass dieselbe, wenn sie einige Tage im Lese-Saal gestanden, so bald als möglich und ohne weitere Order zu erwarten, des Nachts gegen 12 Uhr  und ohne alle Ceremonien,  von meinen eigenen Bedienten, und mit den dazu benötigten Handwerks Gütern in die Begräbnis-Capelle gebracht, in den Marmore Tombe versenket, und mit dem Deckel verwahret  werden soll.  Den folgenden Tag  am Abend gegen 6 Uhr soll aber nach meiner Verordnung die Rede und der Gottesdienst in der Stiftskirche gehalten werden, zu dem auf dem Hohen-Chor an statt des echten Sarges mit der Leiche nur ein Spriegel, also ein hölzernes Gerüst mit einer schwarzen Decken behangen, hin gesetzet werden soll.“

Während ihr Leichnam also längst und ohne jegliche Zeremonien im Sarkophag beigesetzt sein sollte, sollte dem Beerdingungsgottesdienst nur eine Sarg-Attrappe beiwohnen.

Von Johann Kaspar Käse, der den Sarkophag und die vier Sandsteinepitaphien schuf, stammt auch der so genannte Elisabethbrunnen an der Südseite der ehemaligen Abtei, den Oberhofmeister Johann Anton Kroll der Fürstin einst geschenkt hatte. Er zeigt sie als Wohltäterin, die einem Bettler Brot gibt, und setzt sie damit mit der Heiligen Elisabeth von Thüringen gleich, die als Patronin der Bedürftigen gilt. Die Fürsorge für die Notleidenden Gandersheims war eine der wichtigsten Aufgaben, mit denen sich die geistliche Reichsfürstin befasste.